Инсульт может быть связан с аномалиями межпредсердной перегородки, в частности с открытым овальным окном (ООО), дефектом межпредсердной перегородки (ДМПП) и аневризмой межпредсердной перегородки (АМПП).

Овальное окно и его заслонка между правым и левым предсердиями являются важными компонентами кровообращения плода. У развивающегося плода оксигенированная кровь из пупочной вены поступает в правое предсердие через нижнюю полую вену и шунтируется в левое предсердие, минуя не расправленные легкие. После рождения относительное повышение давления в левом предсердии закрывает заслонку и формируются спайки, которые приводят к структурной целостности межпредсердной перегородки. Однако примерно у 25 % взрослых людей овальное окно остается открытым и служит потенциальным межпредсердным шунтом.

Реже, после формирования перегородки, между предсердиями сохраняется отверстие, называемое ДМПП. Большинство таких дефектов относятся к вторичным (дефектам вторичной перегородки) и обусловлены недоразвитием первичной перегородки. Это можно визуализировать на трансторакальной или чреспищеводной эхокардиографии.